公司下辖两个污水处理厂，分别是鲁抗国际工业园区污水处理厂、鲁抗医药循环经济产业园污水处理厂，主要承接鲁抗医药股份有限公司、鲁抗生物制造公司、舍里乐高新区分公司、明治医药（山东）有限公司、艾美科健(中国)生物医药有限公司等各单位生产车间制药废水，在发酵原料药、化学原料药、合成及半合成制药废水处理方面拥有成功的处理技术，在运营管理方面培养了大批环保人才、积累了丰富的管理经验。在保证公司的可持续发展，缓解下游工业园区污水厂运行压力的前提下，进一步保障了区域环境安全，改善人居环境，为国家生态环境安全作出积极贡献。
鲁抗医药循环经济产业园污水处理厂，设计处理规模10000m3/d，，污水处理工艺齐全，充分考虑了化工废水高浓、高盐、难处理的特点，分别采用不同的预处理技术，以满足不同的水质处理需求。MVR装置可处理高盐分高浓度有机废水，例如头孢、阿莫西林生产废水。解毒预处理可去除废水中的有毒害性物质。最后经预处理后的废水进入生化系统处理后外排，探索出一条抗生素制药废水处理的新路，切实保证了公司生产、发展需要。
国际工业园区污水处理厂，占地50余亩，设计处理规模3600m3/d，建有日处理能力1000m3的强制混凝预处理设施。是公司对外迎接上级领导和重要客户参观、考察的文明生产窗口。连续多次获得省、市级“文明单位”、“先进集体”、“工人先锋号” “青年文明号”等荣誉，形成了一道独特的 “环保安全风景线”。
